پیچیدگی مسائل زیست محیطی حاضر به این معنی است که شرکت های فعال در این زمینه نیازمند تکنیک های تحلیلی پیشرفته و متخصصینی در زمینه های مختلف هستند. با تحت کنترل در آوردن قابلیت های منابع تابش سنکروترون، بخش محیط زیست می تواند راه حل های بهتری را در زمینه برخورد با مشکلات زیست محیطی بررسی و ارائه کند و تحولی را در این زمینه ایجاد کند.


حفظ تعادل طبیعی محیط زیست امری ضروری است. هر چه آگاهی ما نسبت به اثرات مضر فعالیت های انسان ها بر محیط بیشتر باشد، دست یابی به راه حل هایی برای حفاظت از محیط زیست آسیب پذیر آسان تر خواهد بود. تعدادی از دانشمندان در مراکز تحقیقاتی تابش سنکروترون به دنبال انواع جدیدی از انرژی موسوم به انرژی های "پاک تر" هستند. عده ای در حال تجزیه و تحلیل نمونه  های آب و خاک های آلوده هستند. برای مثال میزان گسترش ذرات رادیواکتیو ناشی از حوادث هسته ای مانند چرنوبیل را بررسی می کنند. اما تمام مشکلات محیط زیست ساخته دست انسان نیست. دانشمندان هم چنین پدیده های طبیعی مانند آتشفشان ها و بهمن ها را با استفاده از تابش سنکروترون مورد بررسی قرار می دهند. با شناخت بهتر چنین پدیده هایی، امکان ارائه هشدار پیش از وقوع آنها ممکن می شود.